Replace diamond by MMseq2? (benchmark)
Bon à savoir : pour eggnog-mapper l'alignement avec mmseqs2 est assez gourmand en mémoire (ils parlaient de 200G de mémoire, j'avais assuré en prenant 250G, a priori pour le mock il a utilisé 77G). Avec diamond, on utilise 7G sur les 32G que je lui avais donné. DONC: regarder et comparer CPUs et RAM utilisés par les 2 outils.
Other possibility: Chunk files for parallelization of diamond
Edited by MARTIN Pierre