Simplifier les paramètres de taxonomy

Le pipeline a besoin de deux fichiers de taxonomy: new_taxdump et accession2taxidFULL.

Actuellement lorsqu'on souhait utiliser des fichiers de taxonomy en local, il faut spécifier le paramètre --taxonomy_dir qui pointe vers un répertoire contenant les deux fichiers de taxonomy. Sur genotoul ces deux fichiers ne sont pas présents dans le même répertoire dans/bank ce qui pose donc problème si l'on souhaite utiliser ces fichiers.

Il faudrait donc simplifier les paramètre de taxonomy en supprimant --taxonomy_dir et en faisant en sorte que les paramètres --taxdump et --accession2taxid correspondent soit aux liens ftp de téléchargement soit aux chemins des fichiers en local.

• simplifier les paramètres
• mettre à jour la doc